Integrované povolení musí v souladu s ustanovením § 13 zákona o integrované prevenci (zákon č. 76/2002 Sb.) obsahovat kromě obecných náležitostí stanovených správním řádem (zákon č. 500/2004 Sb.) také tzv. závazné podmínky provozu. Jedná se o specifické podmínky provozu zařízení a s ním přímo spojených činností.

Podle ustanovení § 13 odstavce 6 citovaného zákona musí závazné podmínky provozu uložené krajským úřadem vždy zahrnovat podmínky, postupy a opatření, které by jinak byly stanoveny na základě zvláštních právních předpisů. Zvláštním právním předpisem, který upravuje ochranu povrchových a podzemních vod, je zákon č. 254/2001 Sb., o vodách a o změně některých zákonů (vodní zákon), ve znění pozdějších předpisů. Podle ustanovení § 8 odst. 1 písm. c) vodního zákona je třeba k vypouštění odpadních vod do vod povrchových nebo podzemních povolení k nakládání s povrchovými nebo podzemními vodami. Podstatnou náležitostí povolení k nakládání s povrchovými nebo podzemními vodami je stanovení lhůty, na kterou se povolení vydává s tím, že povolení k vypouštění odpadních vod nemůže být podle § 9 odst. 2 vodního zákona vydáno na dobu delší než 10 let (u nebezpečných látek podle přílohy č. 1 na dobu delší než 4 roky). Integrované povolení musí toto časové omezení respektovat a reflektovat. Tomu ostatně odpovídá požadavek uvedený v § 126 odst. 5 vodního zákona, který nutnost časového omezení nakládání s vodami v integrovaném povolení explicitně uvádí.

Smyslem „integrace“ je nejen jednotlivá povolení vydávaná podle složkových předpisů spojit do jednoho řízení, ale současně nastavit povinnosti provozovatele posuzovaných zařízení ve vztahu k ochraně životního prostředí takovým způsobem, aby bylo dosaženo integrované prevence a omezování znečištění všech složek životního prostředí, ochranu povrchových a podzemních vod nevyjímaje.