Podle § 126 odst. 5 vodního zákona se rozhodnutí vydaná podle § 8 odst. 1, § 12 odst. 1, § 16 odst. 1, § 17 odst. 1, § 39 odst. 2 písm. a) nevydají podle vodního zákona, pokud je jejich vydání nahrazeno postupem v řízení o vydání integrovaného povolení zákona o integrované prevenci. Ustanovení dále uvádí, že rozhodnutí podle § 17 odst. 1 se nenahrazuje postupem v řízení o vydání integrovaného povolení podle zákona o integrované prevenci, pokud se integrované povolení na základě žádosti provozovatele zařízení vydává po vydání stavebního povolení nebo společného povolení, kterým se stavba umisťuje a povoluje.

Z uvedeného vyplývá, že integrovaným povolením budou nahrazeny jen ty souhlasy podle § 17 odst. 1 vodního zákona, které jsou vydávány formou rozhodnutí. Některé souhlasy podle § 17 odst. 1 vodního zákona jsou vydávány ve formě rozhodnutí, jiné – většina – jsou vydávány ve formě závazného stanoviska. Kritériem pro odlišení formy je skutečnost, zda je posouzení záměru podle § 17 odst. 1 vodního zákona ze strany vodoprávního úřadu konečné, tzn. již nebude následovat jiný postup jiného správního orgánu, kam by eventuálně mohl být obsah závazného stanoviska promítnut, či nikoliv. Je-li posouzení záměru vodoprávním úřadem konečné, tj. nenavazuje žádné jiné řízení, vydá vodoprávní úřad souhlas ve správním (vodoprávním) řízení formou rozhodnutí. Souhlas ve formě rozhodnutí (z důvodu právní jistoty) vydá vodoprávní úřad i tehdy, nebudou-li (mu) navazující postupy jiných správních orgánů zřejmé.

Formu rozhodnutí má typicky souhlas podle § 17 odst. 1 písm. g) vodního zákona, tedy souhlas k vrtům pro využívání energetického potenciálu podzemních vod, z nichž se neodebírá nebo nečerpá podzemní voda nebo souhlas podle § 17 odst. 1 písm. i) vodního zákona, tedy souhlas udělený ke geologickým pracím spojeným se zásahem do pozemku, jejichž cílem je následné využití průzkumného díla na stavbu k jímání podzemní vody nebo pro vrty pro využívání energetického potenciálu podzemních vod.