Podle § 3 zákona č. 201/2012 Sb., o ochraně ovzduší, ve znění pozdějších předpisů, jsou imisní limity závazné pro obce a kraje při výkonu samostatné působnosti, která by mohla mít dopad na kvalitu ovzduší. Imisní limity a přípustné četnosti jejich překročení jsou uvedeny v příloze č. 1 k zákonu o ochraně ovzduší. Obce a kraje při výkonu samostatné působnosti nejsou orgány ochrany ovzduší (na rozdíl od obecních a krajských úřadů při výkonu přenesené působnosti). Mnohé jejich činnosti v oblasti samostatné působnosti nicméně mohou ovlivnit stav kvality ovzduší v daném kraji nebo obci. Obce a kraje proto mají povinnost při veškeré své činnosti v rámci samostatné působnosti zohlednit, zda dotčená činnost může mít dopad na kvalitu ovzduší. Pokud ano, musí obec a kraj respektovat platné imisní limity stanovené v příloze č. 1 zákona o ochraně ovzduší.

Obce a kraje v samostatné působnosti mají také podle § 9 odst. 4 zákona o ochraně ovzduší povinnost provádět opatření, která jim byla stanovená v tzv. programu zlepšování kvality ovzduší.

Programy zlepšování kvality ovzduší zpracovává a schvaluje podle § 9 odst. 1 Ministerstvo životního prostředí a vyhlašuje je ve Věstníku. Jedná se o koncepční nástroj, který se zpracovává v oblastech, kde je špatná kvalita ovzduší a došlo tam k překročení imisních limitů. Cílem programu je vytvořit soubor opatření, jejichž provedení by mělo přispět ke zlepšení kvality ovzduší a umožnit dosažení imisních limitů. Ministerstvo je povinno zpracovat programy ve spolupráci s příslušným krajem nebo obcí a také s příslušným krajským úřadem nebo obecním úřadem.

Opatření ke zlepšení kvality ovzduší mají obce a kraje provádět dle svých možností, současně však tak, aby bylo co nejdříve dosaženo dodržování imisního limitu na příslušném území obce nebo kraje. Obec a kraj mají dále povinnost vypracovat a na svých webových stránkách zveřejnit časový plán pro provádění opatření stanovených jim programem. Tento časový harmonogram zpracují do 12 měsíců ode dne vyhlášení příslušného programu zlepšování kvality ovzduší ve Věstníku Ministerstva životního prostředí.

Od povinností krajů a obcí v samostatné působnosti je třeba odlišit povinnosti, které vyplývají z programů zlepšování kvality ovzduší pro krajské úřady a obecní úřady v přenesené působnosti, když vystupují jako orgány ochrany ovzduší. Krajské úřady mají v § 9 odst. 3 zákona o ochraně ovzduší uloženu povinnost respektovat programem stanovené emisní stropy v podmínkách povolení provozu zdrojů, které vydávají podle § 11 odst. 2 písm. d) zákona o ochraně ovzduší. Krajské úřady a obecní úřady obcí s rozšířenou působností mají dále podle § 12 odst. 1 povinnost vycházet při vydání stanovisek, závazných stanovisek a povolení provozu podle § 11 odst. 1 až 3 zákona o ochraně ovzduší z programů zlepšování kvality ovzduší a z úrovně znečištění znečišťujícími látkami, které mají stanoven imisní limit v bodech 1 a 2 přílohy č. 1 k zákonu o ochraně ovzduší. Podle § 13 odst. 1 zákona o ochraně ovzduší má krajský úřad povinnost prověřovat možnost zpřísnění povolení u zdrojů znečišťování ovzduší, které byly vytipovány v programu zlepšování kvality ovzduší.