I. Vymezení úkonů podléhajících zpoplatnění

Úkony podle zákona o integrované prevenci podléhající zpoplatnění jsou vymezeny v položce 96 sazebníku poplatků, který tvoří přílohu k zákonu č. 634/2004 Sb., o správních poplatcích, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „zákon o správních poplatcích“). Jedná se o následující úkony:

1) Vydání integrovaného povolení k provozu zařízení uvedenému v příloze č. 1 k zákonu o integrované prevenci – poplatek 30 000 Kč

Tento poplatek se platí v případě, že je nově vydáváno integrované povolení pro zařízení, v němž probíhá jedna nebo více činností podle přílohy č. 1 k zákonu o integrované prevenci. Jedná se tedy o zařízení, pro jehož provoz je integrované povolení tímto zákonem povinně vyžadováno.

2) Vydání rozhodnutí o změně integrovaného povolení při podstatné změně zařízení uvedeného v příloze č. 1 k zákonu o integrované prevenci – poplatek 10 000 Kč

V tomto případě je poplatek vázán na vydání rozhodnutí o změně integrovaného povolení při podstatné změně zařízení, na které se vztahuje povinnost mít integrované povolení. Podstatná změna je definována v § 2 písm. i) zákona o integrované prevenci.

V souvislosti se zpoplatněním změny integrovaného povolení při podstatné změně zařízení je nutno vzít v úvahu, že v rámci položky 96 jsou kromě výčtu zpoplatněných úkonů stanoveny rovněž úkony, která zpoplatnění nepodléhají. Konkrétně je v položce 96 stanoveno, že předmětem poplatku není „vydání rozhodnutí o změně integrovaného povolení v případě, že se nejedná o podstatnou změnu zařízení plánovanou provozovatelem zařízení“. Zpoplatnění tedy podléhá pouze podstatná změna zařízení, kterou iniciuje sám provozovatel, např. v případě změny technologie nebo rozšíření výroby. Naopak zpoplatnění nepodléhá změna integrovaného povolení při podstatné změně zařízení, k níž je přistoupeno z podnětu povolujícího úřadu. Může se jednat např. o případ, kdy povolující úřad na základě nově přijaté změny některého ze složkových právních předpisů provede přezkum integrovaného povolení podle § 18 odst. 2 zákona o integrované prevenci se závěrem, že se jedná o podstatnou změnu zařízení, a následně v souladu s § 19a odst. 1 tohoto zákona vyzve provozovatele zařízení k podání žádosti o změnu integrovaného povolení.

3) Vydání integrovaného povolení nebo jeho změny při podstatné změně zařízení neuvedeného v příloze č. 1 k zákonu o integrované prevenci – poplatek 5 000 Kč

Tento poplatek se vztahuje na zařízení, v nichž neprobíhá žádná činnost podle přílohy č. 1 k zákonu o integrované prevenci, a integrované povolení tak pro ně není tímto zákonem vyžadováno. Provozovatel takového zařízení však může o vydání integrovaného povolení požádat dobrovolně. Možnost dobrovolného vstupu do režimu zákona o integrované prevenci vyplývá z definice zařízení v § 2 písm. a) tohoto zákona.

Pro vymezení případů, kdy vydání změny integrovaného povolení při podstatné změně zařízení podléhá zpoplatnění, platí obdobně druhý odstavec komentáře k bodu 2.

Z výše uvedeného vymezení zpoplatněných úkonů a úkonů, které nejsou předmětem poplatku, dále vyplývá, že zpoplatnění nepodléhá vydání rozhodnutí o změně integrovaného povolení v případě jiné než podstatné změny zařízení (tzv. nepodstatné změny).

Integrovaného povolování se týká také položka 20 sazebníku poplatků, kde jsou stanoveny správní poplatky pro místní šetření nebo ohledání na místě. Ve výčtu úkonů, které jsou od poplatku podle této položky osvobozeny, je uvedeno i místní šetření prováděné podle zákona upravujícího integrovanou prevenci. Jedná se o místní šetření podle § 33 písm. j) zákona o integrované prevenci, které provádí krajský úřad za účelem zjištění, zda se na zařízení vztahuje povinnost mít integrované povolení.

II. Související postupy

1) Placení poplatku

V souladu s § 5 odst. 1 zákona o správních poplatcích poplatek vybírá správní úřad, který je příslušný k vydání integrovaného povolení. Tím je zpravidla krajský úřad, v jehož územním obvodu se nachází dotčené zařízení. Pokud by se výjimečně jednalo o zařízení, jehož provoz může významně nepříznivě ovlivnit životní prostředí dotčeného státu, bylo by k vydání integrovaného povolení, a tedy i k vybírání správního poplatku, příslušné Ministerstvo životního prostředí (v praxi takový případ dosud nenastal).

V případě zpoplatněných úkonů podle zákona o integrované prevenci je předmětem zpoplatnění vždy vydání rozhodnutí. Z § 5 odst. 2 zákona o správních poplatcích vyplývá, že poplatky vázané na vydání rozhodnutí jsou splatné nejpozději před provedením požadovaného úkonu, tj. před vydáním rozhodnutí. Poplatek musí být zaplacen nejpozději ve lhůtě 15 dnů od doručení výzvy krajského úřadu k zaplacení poplatku. Pokud nedojde k zaplacení poplatku v této lhůtě, krajský úřad v souladu s § 5 odst. 4 zákona o správních poplatcích zastaví řízení. Proti dané výzvě lze podat odvolání ve lhůtě 15 dnů ode dne jejího doručení, s tím, že odvolání nemá odkladný účinek. Vyloučení odkladného účinku je stanoveno v § 109 odst. 5 zákona č. 280/2009 Sb., daňový řád, ve znění pozdějších předpisů.

Vzhledem k tomu, že se jedná o poplatek vybíraný orgánem územního samosprávného celku, v souladu s § 6 odst. 8 zákona o správních poplatcích jej nelze platit kolkovými známkami. Poplatek se platí způsobem stanoveným krajským úřadem na základě § 163 odst. 3 daňového řádu. Krajské úřady vždy umožňují úhradu bezhotovostním převodem na stanovený účet nebo na pokladně krajského úřadu.

I v případě zpoplatněných úkonů podle zákona o integrované prevenci může být relevantní sleva na poplatku podle § 9 zákona o správních poplatcích. Tato sleva spočívá ve snížení poplatku o 20 %, nejvýše však o 1 000 Kč, pokud je žádost nebo jiný návrh k provedení úkonu podán na elektronickém formuláři zveřejněném podle zákona upravujícího právo na digitální služby. V případě zpoplatněných úkonů podle zákona o integrované prevenci tak lze slevy na poplatku využít pouze v případě, že krajský úřad možnost takového elektronického podání nabízí.

2) Vracení poplatku

U všech úkonů podle zákona o integrované prevenci, které podléhají zpoplatnění, je správní poplatek vázán na vydání rozhodnutí (integrovaného povolení nebo jeho změny), nikoli na přijetí žádosti. V případě zastavení řízení nebo zamítnutí žádosti jsou tak splněny podmínky pro vrácení již zaplaceného správního poplatku stanovené v § 7 odst. 1 písm. a) zákona o správních poplatcích.