Účelem stanovení minimálního zůstatkového průtoku (dále jen „MZP“) je ochrana množství povrchových vod a potřeba zachování ekologických funkcí vodního toku, a to při zohlednění dalších vodohospodářských funkcí toku.

Hodnota MZP není „ideálním“ průtokem v daném profilu vodního toku, který by měl být dlouhodobě udržován. Naopak, jde o hodnotu minimální, která by měla být přípustná pouze po nezbytně nutnou dobu.

MZP musí být stanoven v povolení k nakládání s vodami, jehož realizace může ovlivnit množství vody ve vodním toku, tj. může snížit průtok v toku. Přihlíží se nejen k povolovanému nakládání s vodami, ale též k dalším již vydaným (platným) povolením.

Hodnota MZP se stanoví zpravidla v profilu bezprostředně pod místem odběru vody nebo v profilu pod zařízením, které odběr či jiné relevantní nakládání s vodami umožňuje. Jelikož každé místo na vodním toku má své specifické podmínky, stanovení MZP je komplexní a jedinečnou procedurou vyžadující znalost všech zájmů spojených s vodním tokem a posouzení místních podmínek přírodních i vodohospodářských. Z logiky věci by měly být stanoveny různé hodnoty MZP pro různá období roku (princip sezonality) a výpočet MZP musí vycházet také z hydrologických a morfologických charakteristik daného vodního toku (princip regionality).

Při stanovení hodnoty MZP vychází vodoprávní úřad také z opatření k dosažení cílů ochrany vod přijatých v plánech povodí, přihlížet je potřeba také k cílům ochrany vod podle § 23a vodního zákona (tj. dosažení dobrého stavu nebo dobrého ekologického potenciálu útvaru povrchových vod, resp. zamezení zhoršení stávajícího stavu útvarů povrchových vod).

Stejně tak mohou existovat též situace, kdy v konkrétním případě existuje jiný veřejný zájem převažující nad zájmem ochrany ekologické funkce vodního toku – i tyto okolnosti je potřeba při stanovení hodnoty MZP zohlednit. Případné snížení hodnoty MZP v tomto ohledu je samozřejmě potřeba náležitě odůvodnit.

Hodnotu MZP a způsob její kontroly (způsob a místo měření průtoku a četnost předkládání výsledků vodoprávnímu úřadu) stanoví vodoprávní úřad ve výrokové části povolení k nakládání s vodami, a to jak při vydávání povolení nových, tak, v případě potřeby, i při změnách stávajících povolení postupem podle § 12 vodního zákona. U změn stávajících povolení přichází v úvahu zejména změna povolení na žádost oprávněného z důvodu prodlužování platnosti povolení nebo postup podle § 12 odst. 3 písm. a). Posledně uvedená procesní varianta je nicméně podmíněna tím, že stanovení hodnoty MZP či její změna v platném povolení je nezbytné pro dosažení cílů ochrany vod přijatých v plánech povodí, a klade tak poměrně vysoké nároky na odůvodnění takové změny povolení. Vodoprávní úřad totiž bude muset plausibilně popsat a odůvodnit, že pro dosažení cílů uvedených v koncepčních dokumentech - plánech povodí je nezbytné právě ono stanovení či změna hodnoty MZP v individuálním povolení k nakládání s vodami.

V některých mimořádných situacích, typicky v období přechodného nedostatku vody, může vodoprávní úřad postupem podle § 109 odst. 1 vodního zákona rozhodnutím nebo opatřením obecné povahy upravit na dobu nezbytně nutnou práva vyplývající z platných povolení k nakládání s vodami. Jelikož stanovení hodnoty MZP je součástí povolení k nakládání s vodami a její dodržování do jisté míry determinuje výkon oprávnění z povolení vyplývajícího, může být MZP předmětem zásahu vodoprávního úřadu uvedeným procesním postupem, byť nepřímo, např. omezením možnosti odběru, ke kterému jinak povolení opravňuje.