DPH je tzv. nepřímou daní, jejíž finanční tíhu nenese plátce této daně, pro něhož je pouze průběžnou položkou v rámci zúčtovacích vztahů (pohledávek a dluhů) vůči finančnímu úřadu. Proto DPH - na výstupu (přiznávaná) ani na výstupu (nárokovaná) - neovlivňuje základ daně z příjmů plátce DPH. Existují ale výjimky.

Novopečený plátce musí ihned, co se stane plátcem DPH, začít své prodeje (výstupy) zatěžovat daní na výstupu, a to bez ohledu na to, že ještě coby neplátce nemohl při pořízení souvisejících vstupů uplatnit odpočet daně na vstupu. Tím pádem by ale docházelo k dvojímu, opakované zatížení DPH stejné majetkové hodnoty. Nejprve daní uplatněnou dodavatelem při nákupu a posléze DPH na výstupu přiznanou novým plátcem při prodeji. Což by znevýhodnilo začínající plátce až do vyprodání zásob, které koupili jako neplátci. Pro odstranění této nespravedlnosti je umožněn novému plátci odpočet daně ze zboží koupeného (od plátce) před registrací.

Podle očekávání je právní úprava tohoto "daňově spravedlivého" nároku na odpočet daně při registraci poněkud složitější a postihuje větší skupinu majetku než jen zboží na skladě, kde je to nejnázornější. Konkrétně ji najdeme v ustanovení § 79 zákona č. 235/2004 Sb., o dani z přidané hodnoty, ve znění pozdějších předpisů (dále též "ZDPH"), přičemž základní pravidlo stanoví odstavec 1:

• Osoba povinná k dani má nárok na odpočet daně u přijatého zdanitelného plnění, pokud toto plnění

a) pořídila v období zahrnujícím 12 po sobě jdoucích měsíců přede dnem, kdy se stala plátcem, a

b) je ke dni, kdy se tato osoba stala plátcem, součástí jejího obchodního majetku.

Pro praxi spíše jen zcela výjimečné další případné situace umožňující novopečenému plátci uplatnit nárok na odpočet daně u zdanitelných plnění před registrací stanoví § 79 v odstavcích 2, 3 a 4, spolu s proti-spekulativním odstavcem 7.

Tento nárok na odpočet daně se uplatní:

• jako u běžných odpočtů daně na vstupu na základě daňového dokladu od plátce, při zohlednění případně jen částečného odpočtu daně, speciální postup dle § 78d odst. 2 ZDPH se týká pouze dlouhodobého majetku,
• za zdaňovací období, kdy se osoba povinná k dani stala plátcem, tedy v úplně prvém přiznání k DPH plátce.

Z hlediska daně z příjmů je nárokovaný odpočet DPH na vstupu z přijatých zdanitelných plnění před registrací plátce příjmem plynoucím poplatníkovi ze samostatné (podnikatelské) činnosti ve smyslu § 7 zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů, ve znění pozdějších předpisů (dále též "ZDP"). A protože zákon neumožňuje jeho osvobození ani jiný důvod nezdanění, zůstává zdanitelným příjmem vstupujícím (skrze daňovou evidenci) do dílčího základu daně z příjmů ze samostatné činnosti poplatníka. Což je daňově spravedlivé, protože příslušné nákupy od plátců - včetně DPH na vstupu, kterou coby neplátce ještě nemohl nárokovat k odpočtu - zpravidla ihned uplatnil jako daňový výdaj v rámci své daňové evidence, například coby součást pořizovací ceny zásob.

Přičemž o zdanitelný příjem půjde již v okamžiku uplatnění odpočet daně při registraci, nikoli až při úhradě případného nadměrného odpočtu správcem daně (pokud by byl odpočet DPH na vstupu vyšší než DPH na výstupu). Jde totiž o to, že v rámci daňového přiznání k DPH dochází ke vzájemnému zápočtu části daňových pohledávek vůči státu z titulu DPH na vstupu (z přijatých zdanitelných plnění od jiných plátců) s protisměrným závazkem (dluhem) dotyčného plátce z titulu jeho DPH na výstupu (z jeho uskutečněných zdanitelných plnění). Přičemž tímto vzájemným zápočtem dílčích pohledávek a závazků (dluhů) de facto dochází k nepeněžité úhradě.

Alternativní možnost se poplatníkům s daňovou evidencí nabízí u (dlouhodobého) hmotného majetku dle § 26 odst. 2 ZDP koupeného před registrací k DPH. Mohou se totiž rozhodnout, že nárokovaný odpočet DPH na vstupu posoudí jako snížení jeho vstupní ceny, z níž se tak stane tzv. změněná vstupní ceny ve smyslu § 29 odst. 7 ZDP. Při této volbě nárokovaný odpočet DPH na vstupu z hmotného majetku pořízeného před registrací plátce již nepředstavuje zdanitelný příjem, ale promítne se skrze sníženou vstupní cenu do nižších daňových výdajů, ať už formou odpisů tohoto hmotného majetku anebo skrze jeho zůstatkovou cenu.

Uvedený postup - zdanění nárokovaného odpočtu DPH ze zdanitelných plnění přijatých před tím, než se OSVČ stala plátcem DPH, s případnou výjimkou u hmotného majetku - potvrzuje metodický Pokyn k ZDP z pera Generálního finančního ředitelství s číslem D-22, který lze najít na webu Finanční správy (k § 26 odst. 6):

"4. Příjmem podle zákona je i daň z přidané hodnoty, kterou plátce daně z přidané hodnoty uplatní jako nárok na odpočet daně při změně režimu podle § 79 odst. 1 až 3 zákona č. 235/2004 Sb., o dani z přidané hodnoty, ve znění pozdějších předpisů (dále jen "zákon o DPH"), v souvislosti s registrací plátce.

5. Daň z přidané hodnoty není příjmem podle bodu 4., jestliže poplatník při uplatnění nároku na odpočet sníží

a) vstupní cenu hmotného a nehmotného majetku o poměrnou část daně z přidané hodnoty podle § 79 odst. 1 až 3 zákona o DPH způsobem uvedeným v pokynu k § 29 zákona v bodu 3.,

b) hodnotu zásob o uplatněný odpočet daně z přidané hodnoty, vede-li účetnictví."