V případě, kdy poplatník vstoupil platně do paušálního režimu a teprve následně mu v průběhu zdaňovacího období začnou plynout příjmy ze závislé činnosti zdaňovaných jinak než srážkovou daní (např. zálohová daň z příjmů z DPP převyšujících 10 000 Kč), pak platí, že zůstává i nadále v paušálním režimu včetně povinnosti platit měsíční paušální zálohy do konce zdaňovacího období. Tyto paušální zálohy poplatník hradí i v následujícím zdaňovacím období, pokud nepodá oznámení o dobrovolném vystoupení z paušálního režimu.
Daň takového poplatníka na konci zdaňovacího období však není rovna paušální dani, neboť nejsou splněny zákonné podmínky pro stanovení paušální daně uvedené v § 7a ZDP. Poplatník je za předmětné zdaňovací období povinen podat daňové přiznání, ve kterém uvede veškeré zdanitelné příjmy (v uvedeném případě ze závislé činnosti i z podnikání) a na základě tohoto daňového přiznání bude daň vyrovnána (na skutečnou daň z příjmů se započtou jak zaplacené paušální zálohy, tak zálohy ze závislé činnosti sražené zaměstnavatelem). Poplatník je rovněž povinen podat přehledy o příjmech a výdajích příslušné správě sociálního zabezpečení a zdravotní pojišťovně.
Pokud poplatník neukončí ani nepřeruší samostatnou výdělečnou činnost, může dobrovolně vystoupit z paušálního režimu až po uplynutí zdaňovacího období, a to na základě oznámení o dobrovolném vystoupení z paušálního režimu. Oznámení o dobrovolném vystoupení z paušálního režimu je nutné podat u správce daně v zákonné lhůtě do desátého dne zdaňovacího období bezprostředně následujícího po zdaňovacím období, jehož uplynutím přestane být poplatníkem v paušálním režimu (§ 38le ZDP).
Z příjmů z dohody o provedení práce nad 10 000 Kč zaměstnavatel zcela standardním způsobem odvádí pojistné na zdravotní pojištění, sociální zabezpečení a zálohu na daň z příjmů. Poplatník může samozřejmě u zaměstnavatele podepsat Prohlášení k dani. Pro posouzení, jak postupovat co nejvýhodněji, je podstatný rozsah podnikatelské činnosti (výše příjmů). Ale samozřejmě pokud po uplynutí roku je třeba podávat daňové přiznání a přehledy o příjmech a výdajích, paušální režim ztrácí z větší části smysl.
Podrobněji viz Dotazy a odpovědi k paušální dani na stránkách Finanční správy – zde.